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丨分子模拟/对接/动力学丨

 

是一种结合数学/物理/化学的计算机模拟实验方法,主要依靠牛顿力学来模拟分子体系运动,在由分子体系的不同状态构成的系综中抽取样本,计算体系宏观性质;引入量子力学方法后,可将研究领域进一步扩展到反应机理研究,是研究凝聚态系统的有力工具。通过分子动力学模拟,可以得到体系原子的运动轨迹,可观察到原子运动过程的各种微观细节;能够在分子水平上理解生物大分子的运动与生物功能、蛋白-小分子之间相互作用机理、纳米材料分子的自组装过程等。可计算内容包括但不限于:

①动力学研究:生物体系的弱相互作用分析、受体-配体组装过程、结合自由能等,材料体系的高分子构象预测、材料与溶液界面性质、粗粒化模拟等

②动力学数据分析:轨迹分析RMSD/RMSF、径向分布函数RDF、扩散系数、各种能量分析、氢键数量分析、亲疏水性分析等

③分子对接:蛋白质-小分子、核酸-小分子、小分子-小分子、蛋白-蛋白、蛋白-多肽、蛋白-核酸等

④三维结构分析:蛋白三维结构预测、不同pH/温度/电场下三维结构变化等

⑤结构建模:同源建模、从头建模、REMD蛋白折叠建模、多肽建模等

药物相关:虚拟筛选、定量构效关系QSAR、成药性预测、毒性等​​​​​​

 

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